FILOGENEZ (yun. phylon — avlod, qabila va… genez) , filogeneya — tirik organizmlar hamda ular taksonomik guruxlari: olam, tip (boʻlim), sinf, turkum (tartib), oila, avlod (turkum, urugʻ) va turlarning tarixiy taraqqiyoti. «Filogenez» termini nemis olimi E. Gekkel tomonidan fanga kiritilgan (1866). Biol. ning Filogenez vauning qonuniyatlarini oʻrganadigan boʻlimi filogenetika deyiladi. Filogenezni tadqiq qilish evolyutsiyaning umumiy nazariyasini rivojlantirish, organizmlarning tabiiy sistemasini tuzish uchun zarur. Filogenetikaning xulosalari tarixiy geol. uchun ham juda muhim. Gekkel Filogenezni tadqiq qilish uchun paleontologiya, solishtirma anatomiya va embriologiya dalillarini taqqoslovchi uchlik parallelizm metodini taklif etgan. Filogenetikada genetika, biokimyo, molekulyar biol., etologiya, biogeogr., fiziologiya, parazitologiya dalillaridan keng foydalanilmoqda. Bu dalillar turdan yuqori boʻlgan har qanday taksonlar evolyutsiyasi borishini katta aniklik b-n tiklash imkonini beradi. Muhit sharoiti bir xil boʻlmagan, har xil biotik va abiotik omillar qurshovida turli guruxdardagi evolyutsion jarayonning borishini taqqoslash tarixiy taraqqiyotda katta guruhlarga xos umumiy xossalarni aniklash imkonini beradi. Guruhlar evolyutsiyasining barcha xususiyatlari individlarning morfofiziologik tomonlarini oʻrganish asosida aniqlanadi. Aksariyat guruxlar Filogenezi adaptiv radiatsiyaga, yaʼni belgilarning dastlabki umumiy formadan raduis boʻylab har tomonga tarqalish xarakteriga ega. Oʻsimlik va hayvonlar F. i shajara daraxtini chizish yordamida tasvirlab beriladi. Shajara daraxti oʻsimlik va hayvonlarning umumiy bir ildizdan kelib chiqqanligi; turli xil formalar Yerdagi hayot tarixining har xil davrlarda shoxlanish orqali astasekin taraqqiy etganligini aks ettiradi. Organizmlar filogenetik qayta tuzilishlarining adaptiv xarakterini belgilovchi asosiy kuch tabiiy tanlanish hisoblanadi. Filogenetik shajara barcha oʻzgarishlarning birlamchi negizida divergensiya va filetik evolyutsiya, soʻng esa parallelizm va konvergensiya yotadi.
Organizm har xil guruhlarining Filogenezi bir xilda oʻrganilmagan, bu qazilma qoldiklarning har xil darajada saqlanganligi va mazkur guruxlarning qanchalik qadimiyligi bilan bogʻliq. Umurtqali hayvonlar (ayniqsa, yuksak guruhlari) va yuksak oʻsimliklar F. i, umurtqasiz hayvonlardan esa mollyuskalar, ignaterililar, boʻgʻimoyoqlilar F. i nisbatan yaxshi, prokariotlar va tuban oʻsimliklar F. i kamroq oʻrganilgan.